Les pollutions de l’eau peuvent être chimiques ou bactériologiques. Les eaux ou masses d’eau concernées peuvent être douces, saumâtres ou salées, souterraines ou superficielles. La pluie, la rosée, la neige et la glace peuvent être polluées. La pollution peut aussi concerner des interfaces, dont les estuaires, les zones humides et en particulier leurs sédiments qui peuvent absorber puis relâcher certains polluants.
La lutte contre cette pollution est d’autant plus difficile que ce qui est au fond de l’eau ou dilué dans l’eau est souvent invisible, que certains toxiques infiltrés dans le sol ne produisent souvent leur effet qu’après un long délai et que de nombreux polluants agissent en synergies complexes.
Par exemple, les nitrates ne peuvent atteindre certaines nappes qu’après plusieurs décennies. En Europe, la directive 2000/60/CE du 23 octobre 2000 est le cadre pour le domaine de l’eau. Il rappelle et renforce les orientations communautaires relatives au bon état des écosystèmes aquatiques. La directive vise à renforcer la protection de l’environnement aquatique par des mesures spécifiques conçues pour la suppression progressive des rejets, émissions et pertes de substances dangereuses prioritaires dans l’eau. Les États doivent décliner cette directive dans leur droit national.